X檔案關(guān)閉后，穆德（David Duchovny 大衛(wèi)?杜楚尼 飾）和斯科莉（Gillian Anderson 吉蓮?安德森 飾）被分開(kāi)，穆德受命執(zhí)行監(jiān)聽(tīng)工作，斯科莉則回到學(xué)院讀書(shū)，某日國(guó)會(huì)議員麥特森（Raymond J. Barry 飾）向穆德透露一條消息，稱在波多黎各接收到外星人的電訊，為了在特種部隊(duì)之前找到外星人的證據(jù)，穆德只身前往，得知消息的斯科莉趕到穆德住處，從電腦中的旅客名單中找到線索，尾隨來(lái)到波多黎各。
